二者的区别主要有：
一是价值取向不同。企业公文追求的是最大的经济效益，党政机关公文追求的是对经济社会发展的有效管理，党委公文追求的是提高执政能力和执政水平，人大公文追求的是人民当家作主，政府公文追求的是工作效率，司法机关公文追求的是执法公正。
二是权威性不同。企业公文表达的是企业的意图，不可以行使党和政府的职权，只可以依法管理本企业事务、对企业内部事务“发号施令”。党政公文是管理国家与社会的工具，传达党的意图，宣示和表达国家意志，法定性、政策性、强制性、指导性、指挥性都很强。公民、法人及其他组织都要执行。
三是实施范围不同。企业公文在企业的管理范围内有效，即使是跨行政区的企业，也只能在企业管理范围内实施，不能凌驾于其他组织的公文之上。党政公文全局性强，在相应的行政区域内普遍有效。
四是内容的侧重点不同。企业公文侧重企业经营管理的具体事项和环节，党政公文则是侧重整个经济与社会的重大事项和任务。
五是一些文种使用的种类不同。企业公文经常使用的一些专用公文如广告、合同、协议、产品说明书等居多，党政公文基本不用。同样，党政公文使用的法定公文命令、议案、公告、公报、条例、规定、意见等，企业公文基本不用。
六是行文特点不同。企业作为独立法人，以自我管理为主。或对外行文，或内部行文，都独立承担行文责任。党政机关有严格的公文处理系统和管理制度，并注意不同层级的行文，上下级有明确的行文管理要求。在企业公文撰写制作中，必须把握这些相同点和不同点，避免与党政公文使用作用上的混淆，以确保企业公文效能的发挥。
自2012年7月1日起施行的《党政机关公文处理工作条例》，对企业的公文处理将会产生若干影响。一方面，对企业直接的具体的要求，企业在公文处理中必须一丝不苟地认真执行。企业的党组织行文要以条例为准，包括使用的文种、程序、格式等。企业向国家政权机关行文，必须依照条例的具体规定办理，如果企业的办文制度或习惯同条例相悖，则应服从条例的规定。另一方面，对条例确立的公文处理的指导思想、原则、基本精神、管理制度等，企业在处理公文时要结合本企业的实际情况，加以贯彻、落实和体现。比如，公文保密问题，很多企业重视不够，特别是对企业内部的经济策略秘密、技术指标秘密、生产运营秘密的保护，应当参照条例对党政公文的要求，制定企业自己的具体公文管理保密制度。公文归档材料，应当根据条例规定，及时收集、及时整理、及时归档，力求齐全与规范，防止流失与损害。
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