《决定》在深化农村改革方面提出的重大理论和政策突破是：推进家庭经营、集体经营、合作经营、企业经营共同发展，赋予土地承包经营权抵押、担保权能，允许农民以承包经营权入股发展农业产业化经营，鼓励承包经营权向农业企业流转，允许财政补助形成的资产转交合作社持有和管护，鼓励和引导工商资本到农村发展适合企业化经营的种养业，赋予农民对集体资产股份占有、收益、有偿退出及抵押、担保、继承权，选择试点推进农民住房财产权抵押、担保、转让，保障农民工同工同酬，保障农民公平分享土地增值收益，鼓励社会资本投向农村建设，允许企业和社会组织在农村兴办各类事业，把进城落户农民完全纳入城镇住房和社会保障体系、在农村参加的养老保险和医疗保险规范接入城镇社保体系，完善对被征地农民合理、规范、多元保障机制，整合城乡居民基本养老保险制度、基本医疗保险制度，推进城乡最低生活保障制度统筹发展，改革农业补贴制度，建立财政转移支付同农业转移人口市民化挂钩机制，赋予农民更多财产权利。这些重大论断和政策突破，必将对我国农村改革发展产生重大而深远的影响。
一、关于城乡二元结构是制约城乡发展一体化的主要障碍
《决定》明确提出，城乡二元结构是制约城乡发展一体化的主要障碍。必须健全体制机制，形成以工促农、以城带乡、工农互惠、城乡一体的新型工农城乡关系，让广大农民平等参与现代化进程、共同分享现代化成果。
实现城乡发展一体化，是经济社会发展的内在规律，是我国现代化建设的重要内容和发展方向。从理论上讲，工农关系、城乡关系的内在联系决定了城乡要一体化发展。农业和工业是人类社会发展的两个支柱产业，农村和城市是人类经济社会活动的两个基本区域。工业和农业之间、城市和农村之间存在着内在的、必然的、有机的联系，彼此是相互依赖、相互补充、相互促进的。
农业和农村发展，离不开工业和城市的辐射和带动;同样，工业和城市发展，也离不开农业和农村的支撑和促进。城乡一体化发展，就是把工业和农业、城市和农村作为一个有机统一整体，充分发挥彼此相互联系、相互依赖、相互补充、相互促进作用，特别是充分发挥工业和城市对农业和农村发展的辐射和带动作用，实现工业与农业、城市与农村协调发展。如果把农业与工业、农村与城市割裂开来，使它们失去相互联系，形成两个封闭的体系，那么农业和农村的健康发展就会遇到极大障碍，农业和农村就发展不好;工业和城市的健康发展也会遇到极大困难，工业和城市也发展不好。也就是说，城乡分割，城市和农村都发展不好。只有城乡一体，才能实现农业和农村、工业和城市的持续健康发展，才能实现整个经济社会的持续健康发展。
推进我国城乡发展一体化，必须破除城乡二元结构这个主要障碍。所谓城乡二元结构，就是在制度层面把城镇居民和农村居民从身份上分为两个截然不同的社会群体，公共资源配置和基本公共服务等向城镇和城镇居民倾斜，农村得到的公共资源和农民享有的基本公共服务明显滞后于城镇和城镇居民，农民不能平等参与现代化进程、不能共同分享现代化成果。比如，在户籍制度方面，户口在性质上分为农业户口和非农业户口，农民被登记为农业户口，城镇居民被登记为非农业户口，农业户口不能自由转换为非农业户口。在这种二元户籍制度下，大量进城务工农民，虽然已经不再从事农业，大部分时间也不在农村居住，但并不能真正获得市民身份，无法在城市安家落户和融入城市，无法在就业、子女教育、医疗、社会保障、住房等公共服务领域享受同城镇居民相同的待遇，合法权益不能得到充分保护。在基本公共服务制度方面，财政对农村公共设施建设、义务教育、公共文化服务、社会保障的投入强度明显低于城镇，农村低保标准、合作医疗补助标准、社会养老保险补助水平明显低于城镇，特别是城镇社会保障体系对进城务工农民的覆盖度较低。据国家统计局调查，2012年单位或雇主为务工农民缴纳养老保险、工伤保险、医疗保险、失业保险、生育保险的比例分别只有14.3%、24%、16.9%、8.4%、6.1%。在土地征收和交易制度方面，城市国有土地可以直接上市交易，农村集体土地不能直接上市交易，国家征收农村集体土地，不是按照土地的市场交易价格补偿，而是按照土地的原有用途收益补偿，补偿标准明显偏低。由于这种城乡二元结构的长期存在，导致城乡资源不能合理流动和优化组合，城乡生产要素不能平等交换，城乡公共资源配置严重不均衡，城乡基本公共服务严重不均等，使农村发展滞后、城乡发展差距拉大。从根本上讲，这种以城乡分割为特征的城乡二元结构不破除，城乡发展一体化就实现不了。因此，全面深化改革，必须健全体制机制，大力破除城乡二元结构，加快形成以工促农、以城带乡、工农互惠、城乡一体的新型工农城乡关系，实现城乡发展一体化。
